Гидрогеологический факультет был создан одновременно с созданием Московского геологоразведочного института в 1930 году. В настоящее время разрабатываются научные основы мониторинга гидросферы, методы изучения и прогнозирования изменений природной обстановки в районах крупных городов, горнорудных и промышленных предприятий, методы инженерно-геологической диагностики памятников архитектуры и рекомендации по их охране и др.